Mega verwendet ein Freemium-Geschäftsmodell, bei dem der Basisdienst mit 15 GB[19] Speicher gratis angeboten wird. Darüber hinausgehende Dienste wie mehr Speicher oder mehr Bandbreite sind kostenpflichtig.[20]

Neben der Nutzung im Browser lässt sich Mega mit der kostenlos bereitgestellten Software MEGAsync auch zur automatischen Synchronisation und Datensicherung beliebiger Ordner nutzen.[21]

Verschlüsselung
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Alle Dateien werden vor dem Hochladen mittels des AES-128-Algorithmus verschlüsselt.[22] Auf den Mega-Servern liegen nur verschlüsselte Dateien, auf die ohne das Verschlüsselungspasswort nicht zugegriffen werden kann. Da dieses nicht an die Mega-Server gesendet wird, könnten Dateien nicht auf Urheberrechtsverletzungen überprüft werden[23] und wären somit vor Hackern oder anderen Benutzern ohne das Passwort geschützt. Beim Herunterladen der Dateien werden sie lokal im Webbrowser wieder entschlüsselt.

Seit 21. Januar 2016 kann der Quellcode vieler MEGA-Dienste (wie Webclients oder Smartphone-Apps) frei verfügbar über Github auf Sicherheitslücken überprüft werden.[24]